El 14 de febrero de 1938 se fundó el Conservatorio José María Rodríguez por iniciativa del Doctor Remigio Crespo Toral rector de la Universidad de Cuenca, luego de que el decreto de su fundación fuera acogido en 1937 por el Ministro de Educación Pública Francisco Urrutia Suárez. El nombre de José María Rodríguez que ostenta el conservatorio, lo lleva en homenaje al compositor y maestro de capilla cuencano José María Rodríguez quien dejó un legado de música religiosa, de música de salón, de dirección de bandas y de actividad pedagógica. El primer director del Conservatorio fue el compositor y musicólogo Segundo Luis Moreno. En 1941 la institución cuenta con Rafael Sojos como director, quien con su iniciativa y conocimiento crea la orquesta del Conservatorio aportando a una formación artística de mejores condiciones musicales.
En 1944 en la presidencia de José María Velasco Ibarra se anexa a la Universidad de Cuenca es importante en este año la presencia del compositor imbabureño de música nacionalista José Ignacio Canelos, en 1945 se crea la Escuela de Coreografía y Danza, en este año en 1947 el Conservatorio contó con la primera biblioteca con repertorio de composiciones ecuatorianas. En 1969 siendo director de la institución Carlos Ortiz Cobos músico compositor y arreglista cuencano se crea la Escuela de Arte Dramático.
En 1970 mediante el Decreto No. 409-CH, publicado en el Registro Oficial No. 69 de 28 de septiembre, los Conservatorios de Música se adscriben al Ministerio de Educación, asume la dirección el español José Castellví Queralt quien impulsó para la formación de la Escuela de Musicología en 1979 en la Pontificia Universidad Católica del Ecuador sede en Cuenca para que los músicos puedan acceder a una Licenciatura.
El 8 de julio de 1996 se publicó en el Registro Oficial 983, el Artículo 93 de Reglamento Orgánico Funcional del Ministerio de Educación dispuso que los Conservatorios e Institutos de Música, sean supervisados por su Subsecretaría de Cultura. En 1997 el Ministerio de Educación y Cultura determina los planes de estudio en los siguientes niveles Inicial, Técnico y Tecnológico en diferentes especialidades.
Con la expedición la Ley Orgánica de Educación Superior, publicada en el Registro Oficial 77, de 15 de mayo de 2000, se creó el Sistema Nacional de Educación Superior, previéndose en su Disposición Transitoria Décima Tercera, que los Institutos técnicos y Tecnológicos, los Institutos de música, danza, teatro, arte, educación religiosa y los Conservatorio legalmente autorizados por el Ministerio de Educación y Cultura, continúen funcionando legalmente disponiéndose así mismo, la obligación de presentar al CONESUP (Consejo Nacional de Educación Superior), la documentación que justifique su creación y funcionamiento para su registro.
En el año 2004 el Conservatorio José María Rodríguez obtiene por parte del CONESUP el Registro Institucional No. 01-009 en el nivel Tecnológico Instrumentista, Canto y Danza.
La Ley Orgánica de Educación Superior (LOES), publicada en el suplemento del Registro Oficial 298 de 12 de octubre de 2010, manifiesta en su artículo 182 que la “Secretaría Nacional de Educación Superior, Ciencia, Tecnología e Innovación (SENESCYT), es el órgano que tiene por objeto ejercer la rectoría de la política pública de educación superior…” También señala el artículo 14, literal b) que “son instituciones del Sistema de Educación Superior los institutos superiores técnicos, tecnológicos, pedagógicos, de artes y los conservatorios superiores tanto públicos como particulares debidamente evaluados y acreditados”. En base a este marco legal y a los acuerdos interinstitucionales 2011-001 y 2012-001 MINEDUC-SENESCYT el Conservatorio Superior José María Rodríguez está funcionando con el apoyo administrativo y de infraestructura del Ministerio de Educación. (En la sesión de la Comisión permanente de Institutos y Conservatorio Superiores del CES mantenida el día 20 de enero de 2015 se dispone que siendo las carreas ofertadas las de: Instrumentistas, Canto Danza, Música, Música mención Piano, Música mención Violín y Música mención Flauta Traversa, se mantengan vigentes hasta el rediseño y diseño de las mismas u otras carreras).
En base a lo expuesto el Conservatorio Superior de Cuenca tiene la responsabilidad de formar músicos y bailarines con alta calidad interpretativa para cubrir las necesidades artísticas, estéticas y sociales para lo cual debe someterse a la evaluación y acreditación respectiva por parte de CEAACES (Consejo de Evaluación Acreditación y Aseguramiento de la –Calidad de la Educación).
